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荧光定量PCR仪在检测时,如何判断扩增曲线的可靠性?
来源: 实验室设备选购 时间:2025-03-21

荧光定量 PCR 技术是一种高度灵敏且准确的核酸定量检测方法,而扩增曲线的可靠性对于准确判断检测结果比较重要。以下将详细介绍在使用荧光定量 PCR 仪检测时,判断扩增曲线可靠性的方法。

一、观察扩增曲线的形状

正常的 S 型曲线:理想的扩增曲线应呈现典型的 S 型。在 PCR 反应的起始阶段,由于模板量较少,荧光信号增长缓慢,此为基线期。随着反应的进行,模板被指数级扩增,荧光信号迅速上升,形成指数增长期。当反应进入平台期,由于底物耗尽等原因,荧光信号不再明显增加。若扩增曲线呈现出清晰的 S 型,说明 PCR 反应正常进行,结果较为可靠。

例如,在一些研究中,如 Reference 1 中对发酵乳中双歧杆菌的检测,通过观察扩增曲线的形状,可以初步判断 DNA 提取方法和 PCR 扩增效率。当酶解法提取发酵乳中总 DNA 时,扩增曲线呈现出较好的 S 型,说明该方法提取的 DNA 质量较高,有利于后续的 PCR 反应。

异常曲线的判断:

S 型曲线:如果扩增曲线不是 S 型,可能存在问题。例如,曲线呈现一直线,说明没有发生 PCR 扩增;曲线呈现不规则形状,可能是由于反应体系不稳定、仪器故障或样本污染等原因引起。

平台期异常:如果平台期过高或过低,可能意味着反应体系存在问题。平台期过高可能是由于模板量过多、引物二聚体形成或非特异性扩增等原因;平台期过低可能是由于模板量过少、反应效率低下或荧光信号采集问题等原因。

二、分析扩增曲线的参数

阈值循环(Ct 值):Ct 值是指荧光信号达到设定阈值时所对应的循环数。Ct 值的大小与模板起始量呈负相关,即模板起始量越多,Ct 值越小。在相同的实验条件下,Ct 值的重复性较好,可用于比较不同样本中目标基因的相对含量。一般来说,Ct 值在一定范围内波动是正常的,但如果 Ct 值差异过大,可能说明实验存在问题。

例如,Reference 6 中通过对标准曲线的相关参数和待检测样品的检测结果的分析,判断实验室中两台不同型号的实时荧光定量 PCR 仪检测结果的一致性。其中,Ct 值的稳定性是重要的判断依据之一。如果两台仪器对相同样本的 Ct 值差异没有统计学意义(P0.05),则说明检测结果可靠。

扩增效率:扩增效率反映了 PCR 反应的效率。理想情况下,扩增效率应在 90% - 110% 之间。扩增效率可以通过标准曲线的斜率来计算。标准曲线是通过对一系列已知浓度的模板进行 PCR 反应,绘制荧光信号与模板浓度的对数之间的关系曲线。如果标准曲线的斜率在 -3.32 左右,说明扩增效率接近 100%

例如,Reference 4 中在建立肉制品中羊源性成分的实时荧光 PCR 鉴别方法时,通过构建标准曲线,计算扩增效率达 98.561%,符合《实时荧光定量国际化标准 - MIQE 指南》要求,说明该方法的可靠性较高。

标准曲线的相关参数:

线性关系:标准曲线应具有良好的线性关系,相关系数(R²)应接近 1。如果 R² 值较低,说明荧光信号与模板浓度之间的线性关系不好,可能影响检测结果的准确性。

灵敏度:标准曲线的灵敏度反映了检测方法能够检测到的最低模板浓度。灵敏度越高,说明检测方法能够检测到更低浓度的目标基因,检测结果越可靠。

例如,Reference 7 中建立的实时荧光定量 PCR 检测技术针对 Metschnikowia bicuspidata 的线粒体细胞色素 c 氧化酶亚基 VIACOX6A),标准曲线具有较高的相关系数(R² = 0.996),检测灵敏度低至 7.6×10¹ copies/µL,说明该方法具有较高的可靠性和灵敏度。

三、重复实验

实验重复性:为了判断扩增曲线的可靠性,应进行重复实验。重复实验可以在相同的实验条件下,对同一批样本进行多次检测,观察 Ct 值、扩增曲线形状等参数的重复性。如果重复实验的结果差异较小,说明实验的可靠性较高。

例如,Reference 8 中建立的五重荧光定量 PCR 检测四种疟原虫的方法,每个反应做一式三份验证重复性,三个复孔的变异系数在 0.17 - 4.96 之间,说明该方法具有较好的重复性。

不同仪器和试剂的验证:可以使用不同的荧光定量 PCR 仪和试剂对同一批样本进行检测,比较扩增曲线和相关参数的一致性。如果不同仪器和试剂的检测结果差异较小,说明检测方法的可靠性较高。

四、结合其他方法进行验证

熔解曲线分析:熔解曲线分析可以用于判断 PCR 反应的特异性。在 PCR 反应结束后,通过逐渐升高温度,使双链 DNA 解链,荧光信号逐渐降低。如果 PCR 反应产物特异性好,熔解曲线应呈现单一的峰;如果存在非特异性扩增或引物二聚体,熔解曲线可能会出现多个峰。

例如,Reference 0 中在开发新的低成本、多重实时荧光检测装置 HDLRT-qPCR 时,通过进行测试,显示实现了与市售设备相当的梯度扩增和熔解曲线,良好的一致性表征了测试结果,说明该装置的可靠性较高。

与其他检测方法对比:可以将荧光定量 PCR 检测结果与其他检测方法,如传统的 PCR 方法、测序方法等进行对比,验证检测结果的准确性。如果两种方法的检测结果一致,说明荧光定量 PCR 检测结果可靠。

在使用荧光定量 PCR 仪检测时,可以通过观察扩增曲线的形状、分析扩增曲线的参数、进行重复实验以及结合其他方法进行验证等方式,判断扩增曲线的可靠性。这些方法可以相互补充,提高检测结果的准确性和可靠性。

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