食品科学与工程实验室常用的实验室仪器主要分为两类：一类是用于食品处理、食品理化检测等理化分析的实验室分析仪器；另一类是生物学相关实验仪器包括微生物培养、微生物检测、样品分析仪器及实验制备设备。
食品科学与工程实验室样品处理及理化检测设备主要包括：色谱仪、固相萃取设备、抽脂仪、气相、液相、离子色谱仪、质谱仪、紫外分光光度计、分光光度计、糖度仪、粘度仪、PH计、离心机、涡旋原理、水浴锅、电子天平等。
食品科学与工程行业生物学实验室的配置要求：需要满足对食品样品的前、后处理、保存以及食品中细菌等病原等微生物的检测、培养、鉴别以及病原菌分子生物学检测、病理实验等仪器设备。生物实验室相关设备主要包括：纯水设备、培养基制备设备、生物安全柜、振荡培养箱、恒温摇床、均质机、高速离心机和低冷冻离心机、恒温恒湿培养箱、二氧化碳培养箱、干燥箱、实验室天平、超声波清洗机、加样器、超低温冰箱、高压灭菌器、低温冷藏箱、超净工作台、细胞计数仪、凝胶成像仪、PCR 仪、荧光定量PCR仪、电泳仪、电泳槽、显微镜、多功能酶标仪、微生物发酵罐等。
食品科学与工程重点实验室还需要满足以下配置要求：
（1）凡采购的食品科学与工程实验室仪器设备配置需要满足样品理化检测、微生物检测、化危检测等相关检测与研究。
(2)实验室系统配置基本要求：设计人员在进行实验室设计及布局是应当根据环境、温湿度、实验室面积、水电、安全等因素综合考量。
（3）食品科学与工程实验室仪器设备的使用要求：
实验室仪器设备的使用要求主要包括：实验设备的用途要求、使用频率率要求、仪器无设备更新要求、环境安全要求、人员配置要求等。
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