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PCR实验步骤
来源: 朗基 时间:2023-09-11


 DNA聚合酶是实验室中常用的生物学酶之一,PCR实验中具有重要的作用。实验室常用的DNA聚合酶,包括Taq聚合酶、Pfu聚合酶和Tth聚合酶。

一、Taq聚合酶:

Taq聚合酶是由Thermus aquaticus细菌产生的一种DNA聚合酶,在分子生物学研究中得到广泛应用。Taq聚合酶具有热稳定性,可以在高温条件下保持活性,这是由于其来源于热液生物,能够存活和正常活动于高温环境。这使得Taq聚合酶在聚合酶链式反应(PCR)中起到关键的作用。Taq聚合酶能够按照DNA模板合成新的DNA链,因此在PCR中用于扩增目标DNA片段。然而,Taq聚合酶缺乏3'-5'外切酶活性,导致其生成的PCR产物末端容易出现额外的腺嘌呤碱基。因此,在某些应用中,需要使用具有外切酶活性的聚合酶。

二、Pfu聚合酶:

Pfu聚合酶是由Pyrococcus furiosus细菌产生的一种DNA聚合酶。与Taq聚合酶相比,Pfu聚合酶具有更高的热稳定性和耐酶性。这使得Pfu聚合酶在高温PCR反应中表现出色,其高度稳定的酶活性能够确保PCR反应的可靠性和准确性。此外,Pfu聚合酶还具有3'-5'外切酶活性,可以修复并纠正PCR反应中的腺嘌呤碱基误配,有效防止误差累积。因此,Pfu聚合酶适用于需要高度准确的PCR扩增和DNA测序。

三、Tth聚合酶:

Tth聚合酶是由Thermus thermophilus HB8细菌产生的一种DNA聚合酶。与Taq聚合酶和Pfu聚合酶不同,Tth聚合酶具有热活性反转转录酶活性,可以将RNA模板合成相应的DNA链。因此,Tth聚合酶在逆转录PCR(RT-PCR)中得到广泛应用,用于将RNA转录成DNA,并通过增加热活性酶来实现PCR扩增。此外,Tth聚合酶还具有一定的外切酶活性,可用于修复和校正PCR产物的末端。

     这三种酶的主要区别在于:Taq聚合酶适用于普通PCR扩增;Pfu聚合酶适用于需要高准确性的PCR扩增和DNA测序;Tth聚合酶适用于逆转录PCR。根据实验的目的和需求,选用适当的DNA聚合酶有助于确保实验数据的准确性和可靠性。

1.   按下列组成在 PCR 反应管中调制反应液:

TaqTM 或 TaKaRa EXTaqTM 的配方

Reagent

Quantity, for  50µl of reaction mixt ure

10X PCR buffer  Mg2+ free

5 µ  l

 

MgCl225 mM

 TaKaRa Taq TM  3  µl

 TaKaRa  EXTaqTM  4  µl

2.5mM dNTP mix

4 µ  l

10µM Primer  上游

1 µ l

10µM Primer 下游

1 µ  l

Template DNA

1 µ  l

Taq  E XTaqDNA Polymerase

0.25 µl

Sterile deionized  water

Up to  50µl

Total

50 µl  /Sample

PCR实验中Pyrobest TM DNA Polymerase 的配方

Reagent

Quantity, for 50µl  of reaction mixture

10X Pyrobest buffer

 l

2.5mM dNTP mix

 l

10µM Primer 上游

 l

10µM Primer 下游

 l

Template DNA

 l

Pyrobest TM DNA Polymerase

0.25µl

Sterile deionized water

Up to 50µl

Total

50µl /Sample

① 反应总体积根据实际情况进行调控,可以做 20~50µl 以节约试剂;

② 将上表各成分加入到 0.2ml 或 0.5ml 灭菌的 PCR 薄壁管中;

③ 如果不用 PCR 仪的加热盖,在反应混合液的上层加 30 ~50µl   的矿物油防止样品在 PCR 的过程中蒸发;

2.   按以下程序进行 PCR 扩增。

PCR实验中PCR 反应条件视模板、引物等的结构条件,PCR仪的不同而各异, 实际操作中需根据具体的情况以及 PCR 结果而进行优化。

 

Step

Temperature,

° C

 

Time, min

Number of

cycles

Note

起始变

 

94~95

 

1-3

 

1

 

变性

94~95

0.5-2

 

 

 

 

25-35

退火温度比理论退火 温度大概低 C  ,再

根据反应结果优化

 

退火

 

37-70

 

0.5-2

 

延伸

 

70-75

根据扩 增产物

的大小

每分钟延伸 1000bp

最终延

 

70-75

 

10

 

1

 

使用朗基PCR仪进行PCR反应实验结束后,抽取扩增样品 5µl,用天能琼脂糖凝胶电泳分析扩增结果,用 DNA marker 判断扩增片段的大小或冷冻保存,以备以后分析使用。