间充质干细胞可以从多种组织中分离出来，不同组织来源的间充质干细胞在分离方法上存在一定的差异。以下是对不同组织来源间充质干细胞分离方法差异的详细介绍：
一、人脐带间充质干细胞
传统分离方法与新方法对比：目前利用传统分离提取细胞的方法所获取的人脐带来源的间充质干细胞与脐带组织中所含人脐带来源的间充质干细胞的理论值相差甚远，造成脐带组织的极大浪费，阻碍了间充质干细胞的规模化制备培养。因此，需要建立一套高效分离人脐带间充质干细胞的方法。
胶原酶和胰蛋白酶 - EDTA 消化法：收集的脐带组织可通过胶原酶 type-I 和胰蛋白酶 - EDTA 消化进行间充质干细胞的分离。将处理后的分离细胞沉淀接种在含有 DMEM Nutrient Mix F12、10% FBS 和 1% 抗生素抗真菌溶液的六孔板中，在 37°C、5% CO₂的湿润培养箱中培养至 70 - 80% 融合度。然后使用 Neubauer 计数板在显微镜下通过台盼蓝染色进行细胞定量和活力评估。研究发现，胰蛋白酶消化两种组织产生的细胞数量少于胶原酶处理，但胰蛋白酶处理提供的活细胞数量高于胶原酶处理。因此，胰蛋白酶 - EDTA 可用于分析研究，在这种情况下细胞产量的重要性较低。
二、小鼠脐带和脂肪来源间充质干细胞
组织采集：对于瑞士白化小鼠，脐带间充质干细胞从胎儿的脐带收集，脂肪来源间充质干细胞从小鼠的腹部脂肪组织收集。
分离方法：同样采用胶原酶 type-I 和胰蛋白酶 - EDTA 消化从收集的组织中分离 AD-MSCs 和 UC-MSCs，分离后的细胞处理和培养方法与人脐带间充质干细胞类似。
三、奶牛脂肪间充质干细胞
组织采集与消化：采集不同部位奶牛脂肪，选用 0.25％胰蛋白酶消化，并进行贴壁培养，获取原代奶牛 AD-MSCs。
细胞形态与生长特征：通过传代培养进一步纯化扩增。显微镜观察细胞形态及生长特征，两种不同部位的 AD-MSCs 均呈长梭形、纺锤形或多角形贴壁生长，且两个部位来源的 AD-MSCs 的生长曲线差异较小。
表面标志物及分化能力：分离培养的 AD-MSCs 的表面标志物 CD44 和 CD73 呈阳性表达，而 CD34 和 CD45 呈阴性表达。在诱导分化培养试验中呈现出较强的成脂和成骨分化能力。
四、人肺癌组织来源间充质干细胞
分离方法：采用组织块分离法分离人肺癌组织来源的间充质干细胞。
细胞形态与生物学特征：所分离的细胞呈成纤维样形态，并呈漩涡式生长；其 CD73、CD90、CD105 和 CD166 呈阳性表达，CD14、CD19、CD34、CD45 和 HLA-DR 均呈阴性表达，且具有向成骨细胞、脂肪细胞和成软骨细胞分化的能力。
五、兔脂肪间充质干细胞
组织采集与消化：体外分离兔腹股沟皮下脂肪组织，采用 0.1％I 型胶原酶消化，用含 10％胎牛血清的高糖完全培养基贴壁培养兔 ADSCs。
细胞特性分析：对其细胞形态、体外增殖能力、多向分化潜能及表面标记进行分析。体外分离培养的兔 ADSCs 具有良好的细胞形态、极强的增殖能力，体外经二向诱导，具有成脂及成骨分化潜能，兔第 2 代 ADSCs 表面标记 CD34、CD105 阳性，Sca-1 高表达，几乎不表达 CD45 及 SSEA-1。
六、人骨髓来源间充质干细胞
分离方法：密度梯度离心从人骨髓分离单个核细胞，接种培养 3h 后频繁换液，培养至第 14d 时用 0.25% 胰酶室温作用 2min 移种后继续培养至第 21d。
细胞鉴定：采用流式细胞术检测收获细胞的表型分子。收获细胞在特定条件下诱导培养至第 14d，分别采用茜素红染色、甲苯胺蓝染色和油红染色进行鉴定。第 21d 时均一的长梭状成纤维样细胞铺满瓶底，它们高表达 CD105、CD73、CD90 并低表达 CD45、CD34 和 CD14，能够被诱导分化为骨细胞、软骨细胞和脂肪细胞。
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