市面上很多二氧化碳培养箱的设计也会考虑到防污染因素，例如：知楚系列的二氧化碳振荡培养箱装有紫外灯，能有效杀灭培养箱内的各类菌。另外还有带使用空气过滤器和高温灭活类的二氧化碳培养箱，也是不错的选择。因为这些装置均都能起到防止生物性污染的效果。但带过滤器的二氧化碳培养箱由于其滤膜孔径受限，无法清掉病毒和纳米级微菌，而且过滤器也需要定期更换，耗材成本相对较高。
1、尽量选择防污染的二氧化碳培养箱：
2、规范实验操作培训：
生物类污染和物理性污染很多都是因为实验员的操作不规范所造成的。比如进入实验室不穿鞋套，带入杂菌。给室内加湿时未按指定加入纯水进行试验操作等。所以实验前的培训和实验操作流程规范化也是很重要的。
3、加强仪器设备的清洁：
实验室内的二氧化碳培养箱尽量做到有责任人负责管理，定期对仪器进行清洁和维护，定期定时巡检。不要随意变更调整设备参数，细微的调整随时可能影响二氧化碳培养箱内的温度、二氧化碳浓度等从而影响到细胞的生长环境。
4、加强设备的维护和保养：
二氧化碳培养箱放置环境需保持干燥，不宜放在过于潮湿或光线直射的区域。对二氧化碳振荡培养箱来说，用完后及时用水和微碱性洗涤剂进行冲洗后并干燥，以保证下次实验的正常有序进行。二氧化碳振荡培养箱的放置台面要保持水平（可用水平尺测量）。由于仪器质量较重，所以试验台需要较高的承重能力，如果放置于地面上，也可以选择两层或三层叠加类的培养箱，这样可以节约细胞实验室内的空间。比如我们常见的 知楚系列摇床ZCZY-CS8V的型号就属于双层叠加二氧化碳振荡培养箱。另外，需要注意的是培养箱在安放时不能紧贴墙壁放置，其背面接连接电源的地方和墙壁之间至少保留约30~40厘米的距离，平时不可随意挪动。
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